Земфира версия 4.0
Программное обеспечение для управления фотометрами
для микропланшет производства Био-Рад
Руководство пользователя
RU_ZEMF
REF
Адрес представительства в России:
125167 Москва, Ленинградский пр-т, 37А,. стр. 14
Тел.: (495) 721 14 04, Факс:(495) 721 14 12, e-mail: post@bio-rad.ru
1

2
Содержание:
Введение ...................................................................................................................................................... 3
1. Первая загрузка программы «Земфира» ............................................................................................... 4
2. Стартовое окно ........................................................................................................................................ 5
2.1. Закладка «Протоколы» .................................................................................................................... 6
2.2. Закладка «Отчеты»........................................................................................................................... 7
2. 3. Закладка «Планшеты» .................................................................................................................... 8
2.4. Панель «Настройки»........................................................................................................................ 9
2.5. Панель «Операторы» ..................................................................................................................... 11
2.6. Панель «ЛИС» ................................................................................................................................ 13
3. Программирование тест системы в Редакторе Протоколов программы «Земфира 4.0» ............... 14
3.1. Основная панель редактора протоколов ...................................................................................... 15
3.2.Контроль качества постановки теста. ........................................................................................... 17
3.2.2 Окно «Исключение лунок, не проходящих контрольные условия» ................................... 19
3.3 Панель «Качественный тест» редактора протоколов .............................................................. 20
3.3.1 Закладка «Качественный» ....................................................................................................... 20
3.3.2 Закладка «Многозонный тест» ................................................................................................... 22
3.3.3 Закладка «Подтверждающий» ................................................................................................ 24
3.3.4 Закладка «Спектр» ................................................................................................................... 26
3.4 Панель «Количественный тест» редактора протоколов.............................................................. 27
3.5 Панель «ЛИС» редактора протоколов .......................................................................................... 29
4 Форма «Отчет» ....................................................................................................................................... 30
Создание планшета ................................................................................................................................... 34
6. Заполнение и загрузка планшета перед выполнением теста ............................................................ 36

3
Введение
Программа Земфира 4.0 используется для автоматизации измерений на завершающей
стадии иммуноферментной реакции.
Программа позволяет управлять фотометрами для микропланшетов модели 680
производства Bio-Rad Laboratories, LP 400 производства Sanofi Diagnostics Pasteur, а также PR-
2100. Программа позволяет создавать протоколы измерений и обработки результатов как
качественных, так и количественных исследований. Протоколы (алгоритмы) обработки
результатов сохраняются в файлах с расширением APF. Количество таких протоколов
неограниченно. Файл протокола содержит информацию о параметрах измерений, о размещении на
планшете контролей, стандартов и образцов, об алгоритмах обработки результатов, валидации
условий выполнения тестов и форме выходного отчета.
Результаты измерений сохраняются в файл данных c расширением MPT и могут быть
просмотрены или распечатаны на принтере в любое время. Количество файлов данных также
неограниченно.
Все созданные протоколы хранятся в папке C:\Program Files\Bio-Rad\Zemfira 4.0\Protocols.
Все полученные отчеты хранятся в папке C:\Program Files\Bio-Rad\Zemfira 4.0\Reports. Сама
программа Земфира 4.0 размещена в папке C:\Program Files\Bio-Rad\Zemfira 4.0.
Программа автоматически формирует Ini файл с информацией обо всех настройках.
Данный файл находится в папке C:\Program Files\Bio-Rad\Zemfira 4.0 и называется settings.ini.
Для работы программы необходим PC совместимый персональный компьютер, с
установленной операционной системой Windows XP. Компьютер должен быть оснащен
последовательным портом стандарта RS-232 или USB (потребуется дополнительный переходник
USB на COM) для связи с фотометром.

1. Первая загрузка программы «Земфира»
При первой загрузке предлагается выбор языка, на котором будет вестись работа. Список
языков в стандартной поставке включает в себя английский и русский. Также пользователь может
добавить к списку любой другой язык. Во время работы также можно поменять язык в настройках.
Рис. 1. Выбор языка.
Затем программа попросит задать первого пользователя (Рис. 2).
Рис. 2. Выбор пользователя.
Здесь возможны два пути:
- если поле пароля оставить незаполненным, то программа не будет спрашивать пароль при
каждом запуске. В любой момент ситуацию можно изменить, добавив пароль к имени первого
пользователя.
- если же при первом запуске заполнить поле пароля, то в следующий запуск программа
попросит выбрать имя оператора и ввести пароль. Если все правильно, то программа запускается
в обычном режиме. Если пароль неправильный, то выдается сообщение (Рис. 3)
Рис. 3. Неправильный пароль.
и программа работает в ограниченном режиме: нельзя создавать и редактировать протоколы,
создавать и изменять других пользователей, пользоваться настройками и ЛИС. Ситуацию можно
исправить, сменив оператора в закладке многопользовательского режима (см. раздел 2.5).
4

2. Стартовое окно
Рис. 4. Стартовое окно при запуске программы.
Данное окно является главным окном Земфиры. В левой части окна находится главное
меню «Земфиры», состоящее из 5 вертикально расположенных кнопок, и имени оператора. Если
при первой загрузке программы пользователь не указал имя оператора, и пароль, то будет
использоваться имя по умолчанию «Оператор».
Кнопка «
Главная» возвращает пользователя на панель, в которой
расположены 3 закладки: «Протоколы», «Отчеты» и «Планшеты» (см.
разделы 2.1 -- 2.3).
По нажатию второй кнопки «
Настройки» пользователь попадает в
одноименную панель «Настройки» (см. раздел 2.4).
При нажатии на третью кнопку «
Операторы» появляется панель
многопользовательского режима (см. раздел 2.5).
Четвертая кнопка «ЛИС» -- панель ЛИС (см. раздел 2.6).
5

По пятой кнопке «Редактор Протоколов» вызывается редактор протоколов с
возможностью создания нового протокола или редактирования старого (см. раздел 2.7).
2.1. Закладка «Протоколы»
Рис. 5. Работа с протоколами.
Это -- первая закладка, которую видит перед собой пользователь сразу после загрузки
программы. Поэтому здесь расположено самое главное -- список уже запрограммированных
протоколов, возможность редактировать их и создавать новые, а также окно информации о
фотометре и его готовности.
Итак, на закладке расположены:
- список протоколов (Рис. 5), находящихся по прописанному в Настройках пути (слева вверху на
рис. 4);
- кнопка "Создать", по которой вызывается Редактор Протоколов;
- кнопка "Редактировать", по которой вызывается Редактор Протоколов с выбранным в списке
протоколом;
- кнопка "Удалить", по которой удаляется выбранный в списке протокол;
- кнопка "Запустить", по которой начинается обработка выбранного протокола;
- окно информации о фотометре (Рис. 6), его готовности к считыванию и наборе фильтров (справа
вверху на рис. 4);
Рис. 6. Информация о фотометре.
- информационное окно, в котором отображается краткая информация о выбранном протоколе
(слева внизу на рис. 4);
6

Рис. 7. Информация о выбранном протоколе.
- информационная панель, в которой отображается карта планшета выбранного протокола (справа
внизу на рис. 4).
Рис. 8. Карта планшета выбранного протокола.
2.2. Закладка «Отчеты»
Рис. 9. Окно закладки «Отчеты».
7

Содержание закладки (Рис. 9):
- список отчетов, находящихся по прописанному в Настройках пути (слева вверху на рис. 9);
- кнопка "Просмотр", по которой просматривается выбранный в списке отчет;
- кнопка "Удалить", по которой удаляется выбранный в списке отчет;
- кнопка "Обзор", по которой можно загрузить отчет из любой другой директории;
2. 3. Закладка «Планшеты»
Рис. 10. Окно закладки «Планшеты».
Содержание закладки:
- список планшетов, находящихся по прописанному в Настройках пути (слева вверху на рис. 10);
- кнопка "Печать" (Рис. 11), позволяющая распечатать выбранный в списке планшет;
- кнопка "Удалить планшет" (Рис. 11), по которой удаляется выбранный в списке планшет;
- кнопка "Создать планшет" (Рис. 11), по которой можно создать планшет к имеющемуся
протоколу. После создания планшет помещается в директорию, прописанную в Настройках.
Рис. 11. Работа с планшетами.
8

- информационная панель, на которой отображается выбранный в списке планшет (слева внизу на
рис. 10).
Рис. 12. Информация о выбранном планшете.
2.4. Панель «Настройки»
Рис. 13. Окно панели «Настройки».
Панель содержит:
- текстовые поля «Наименование организации» и «Наименование лаборатории» (Рис. 14).
Информация в них запоминается при выходе из программы.
Рис. 14. Название организации и лаборатории.
9

- флажки «Спрашивать идентификатор планшета» и «Спрашивать серию планшета и срок
годности» (Рис. 15). Если какая-то из позиций выбрана (например, идентификатор планшета), то
при запуске обработки выбранного протокола программа будет спрашивать идентификатор
планшета и затем выводить его в отчете.
Рис. 15. Идентификация планшета.
- выпадающий список «Шрифт» (Рис. 16). Можно выбрать размер шрифта от 8 до 12. При
следующем запуске выбор сохранится.
Рис. 16. Размер шрифта.
- выпадающий список «Язык» (Рис. 17). Можно поменять язык программы. При следующем
запуске выбор сохранится.
Рис. 17. Выбор языка.
- трехпозиционный переключатель «Идентификаторы образцов» (Рис. 18). Пусто -- в отчете
содержимое лунок в матрице и таблице отображается без названия. Автонумерация -- в отчете
программа придерживается таких же правил отображения карты планшета, что и в редакторе
протоколов (например, лунка, обозначенная в редакторе протоколов «Т1», будет отображаться как
«Т1» в матрице и таблице отчета). Спрашивать или загружать -- пользователь сам задает
идентификаторы пациентов, которые потом отображаются в отчете. Внимание!
Идентификаторы лунок, которые не содержат пациентов, изменить нельзя!
Рис. 18. Идентификация образцов.
- текстовые поля «Папка протоколов», «Папка отчетов», «Папка планшетов», «Папка
заданий», «Папка результатов» и кнопки «Обзор» к ним. По кнопке «Обзор» можно выбрать и
задать путь к директории, по которому будет осуществляться поиск файлов с соответствующим
расширением. При следующем запуске выбор сохранится.
Рис. 19. Местонахождение файлов.
- окно информации о фотометре, его готовности к считыванию и наборе фильтров (справа вверху
на рис. 13).
10
- окно соединения с фотометром (Рис. 20), которое содержит:

-- Выпадающий список «Фотометр», в котором можно выбрать один из доступных фотометров.
При следующем запуске выбор сохранится.
-- Выпадающий список «COM-порт», в котором можно выбрать один из доступных СОМ-
портов. При следующем запуске выбор сохранится.
-- Кнопка «Установить соединение», которая создает соединение через выбранный СОМ-порт
с фотометром.
-- Кнопка «Автопоиск», которая пробует установить соединение с выбранным фотометром по
всем доступным СОМ-портам по очереди.
Примечание: для фотометра PR-2100 при соединении с ним появляются еще 2 кнопки:
«Выставить каретку» и «Втянуть каретку», т. к. эти действия не производятся автоматически,
как у других фотометров.
Рис. 20. Связь с фотометром.
2.5. Панель «Операторы»
Рис. 21. Окно панели «Операторы».
11

Панель содержит:
- выпадающий список «Выберите оператора», текстовое поле «Введите пароль» и кнопку «ОК».
Именно так осуществляется переключение между операторами. Если пароль соответствует имени
оператора, то по нажатию кнопки «ОК», слева вверху появляется его имя. Соответственно во всех
последующих отчетах также указывается его имя. В случае неправильного введения пароля и/или
уровня доступа «Лаборант» невозможно будет изменить ни один протокол, удалить отчет или
планшет. Также оператор лишается возможности редактировать и создавать новых пользователей.
Рис. 22. Выбор пользователя.
- таблицу Операторов, в которой содержится информация об имени, уровне доступа и наличии
пароля. Оператор с уровнем доступа «Администратор» может создать, изменить или удалить
другого пользователя, используя соответствующие кнопки (Рис. 23).
Рис. 23. Управление пользователями.
12

2.6. Панель «ЛИС»
Рис. 24. Окно панели «ЛИС».Закладка «Входящие».
Закладка содержит:
- список заданий, в котором высвечивается имя протокола, соответствующее данному заданию, и
имя планшета, для которого нужно выполнить задание (Рис. 25);
- кнопка «Выполнить» (Рис. 25), по которой запускается обработка выбранного задания.
- кнопка «Удалить» (Рис. 25), по которой можно удалить файл выбранного задания.
- кнопка «Печать списка» (Рис. 25), по которой распечатывается список соответствия имени
протокола и уникального guid-номера для этого протокола.
Рис. 25. Список заданий.
- окно информации о фотометре, его готовности к считыванию и наборе фильтров (справа вверху
на рис. 24).
13

3. Программирование тест системы в Редакторе Протоколов
программы «Земфира 4.0»
Рис. 28. Главное окно редактора протоколов.
При создании протокола пользователь должен последовательно описать все необходимые
параметры для выполнения измерения, размещение контролей, стандартов и образцов на
планшете, алгоритм обработки результатов измерения, проведения процедуры интерпретации этих
результатов, проверка условий выполнения анализа, значение стандартов и метод интерполяции
(для количественных тестов).
На левой стороне находится меню - кнопки с всплывающими подсказками, которые не
меняются при смене закладок.
Кнопка «Главная» переносит пользователя в главную закладку редактора, где
задаются основные пункты для обработки теста: название, карта планшета, фильтры.
Кнопка «Элиминация и Валидация» - закладка контроля качества теста: задание
условий элиминации и валидации.
Кнопка «
Качественный»
-- все, что относится к качественным тестам.
Программирование простых качественных, конкурентных, полуколичественных,
спектральных, подтверждающих тестов.
Кнопка «Количественный» -- программирование количественного теста: задание
концентрации стандартов, алгоритма аппроксимации, и т. д..
Кнопка «ЛИС» -- информация для ЛИС. Внешнее имя, что включать в отчет для
ЛИС, и т. д..
Кнопка «Сохранить» -- Запись файла протокола на жесткий диск.
14

Кнопка «Выход» -- закрытие редактора. Если протокол перед этим не был сохранен,
то программа спросит, нужно ли его сохранять.
3.1. Основная панель редактора протоколов
См. рис. 28.
В текстовом поле «Имя протокола» необходимо задать название протокола. Оно не
должно включать символов «.»«,» «_»«:», так как используется как имя файла с расширением .apf.
В выпадающем списке «Основной фильтр» необходимо выбрать длину волны, на которой
будут проводиться измерения. Основным фильтром является фильтр с пропусканием на длине
волны максимального поглощения продуктов реакции.
В выпадающем списке «
Референсный фильтр» также выбирается фильтр, при
необходимости измерения на двух длинах волн. Референсный фильтр -- это фильтр с
пропусканием на длине волны максимального поглощения белков и пластика.
Также нужно указать, в какой форме будет выдаваться и распечатываться отчет. Сделать
это можно с помощью флажков «Печатать график», «Печатать матрицу» и «Печатать
таблицу». В зависимости от установок после обработки результатов, будет выводиться либо
график (актуально только для количественных тестов), матрицу результатов в формате 8х12, либо
таблицу результатов, либо график, матрицу и таблицу одновременно.
Следующий шаг в программировании протокола -- заполнение планшета в соответствии со
схемой раскапывания. Здесь пользователь должен описать, что находится в каждой лунке. Т.е.
контроли, калибраторы, образцы, бланк и т.д.
Рис. 29. Карта планшета.
Для этих целей внизу карты планшета расположен ряд темно-зеленых кнопок. При выборе
одной из кнопок (кроме «Del» и стрелки) можно виртуально «раскапать» контроли, образцы,
стандарты и бланки, «внося» выбранный тип в «лунки» карты планшета. При обработке
протокола программа будет руководствоваться данной картой.
Краткое описание кнопок (см. рис. 29):
Бланк. У бланков не может быть реплик и размерностей.
Позитив
Негативный контроль. Реплики.
ный контроль. Реплики.
15

16
троль. Реплики.
бразец. Реплики и размерность.
тандарт. Реплики.
ри выборе данной кнопки и нажатии на одну из «лунок» сотрется значение, находящееся
контролей, калибраторов(стандартов) и образцов можно задать количество реплик
можно также задать размерность
ием титров нужно указать количество и название
Кон
О
С
П
в этой «лунке». «Лунка» станет пустой.
- для
(количество лунок, занимаемых одним и тем же образцом), с помощью стрелок вверх-вниз под
надписью «Реплика:» (справа от карты планшета на рис. 29).
- в случае подтверждающих тестов, для образцов, кроме реплик,
(обозначает, что реакции в разных лунках данного образца проходят по-разному), с помощью
выпадающего списка «Размерность:» (ниже задания реплик на рис. 29). Внимание! При вводе
образцов с размерностями ввод стандартов запрещен, т.к. количественный расчет не имеет
смысла в случае подтверждающего теста.
- для программирования теста с использован
титров для образцов. Для этого следует нажать кнопку «Т» и отметить флажок «Титры», затем
нажать кнопку «Редактировать» (Рис. 30).
Рис. 30. Включение титрования.
Рис. 31. Работа с титрами.
В появившейся форме (Рис. 31) в текстовом поле под надписью «Введите титр:»
ель опять
окажет
ок титров заносится в выпадающий список «Размерность» в
редакторе протоколов. Теперь тест считается титрованным, запрещен ввод стандартов. Есть
напечатайте обозначение титра (например 1/100) и нажмите кнопку «Ввести». Титр окажется в
списке. Операцию следует повторять, пока в списке не окажется нужное количество титров.
Титры из списка можно редактировать и удалять с помощью соответствующих кнопок.
При нажатии на «Отмена» никакая информация не сохранится, и пользоват
ся в редакторе протоколов.
При нажатии на «ОК» спис

возможность для каждого образца индивидуально выбрать, до какого титра раскапывать. Для
этого следует поменять выбранное значение в выпадающем списке «Размерность».
Под флажком «Титры» находится флажок «Конкурентный ИФА». Он помечается, если
оптическая плотность титров должна возрастать с разведением.
3.2.Контроль качества постановки теста.
Рис. 32. Окно контроля качества.
Практически в каждой и
ществует список условий, при
успешном прохождении которых результаты теста считаются действительными. Для задания этих
услови
нструкции к тест-системе су
й при программировании теста нужно нажать кнопку «QC» (вторая сверху). Откроется
вкладка контроля качества постановки теста. В данной вкладке находятся две панели: проверка
контрольных условий и исключение лунок, не проходящих контрольные условия. Задание условий
для исключения лунок служит целям «
отбрасывания» какой-либо лунки контроля, которая
намного отличается от среднего арифметического всех лунок данного контроля. Затем условие
опять пересчитывается без учета отброшенной лунки, и, если оно выполняется, то этот контроль
без учета исключенной лунки годен для контроля качества теста, для высчитывания уровня среза
и для участия в любых других формулах. Если же нет, то выдается предупреждение, что данные
измерения нельзя считать действительными.
17

3.2.1 Окно «Проверка контрольных условий»
18
Рис. 33. Окно «Проверка контрольных условий».
Окно «Проверка к
поле, в которое нужно
вводить условие. Затем следует нажать кнопк Ввести» и, если все правильно, то условие
появит
Рис. 34. Сообщение об ошибке.
Как задать условия для пр
Цитата из инструкции к тест-системе: «... чество ИФА считают удовлетворительным,
если ср
трицательным контролем (ОПср. К-) не
превыш
trol, 1 -- порядковый номер). Нужно записать условие, что среднее
арифм
такое, что значения оптической плотности во всех лунках данного контроля
не должны превышать 0.25, т.е. необходимо обратиться к каждой реплике, то условие запишется
следую
если требуется обратиться к конкретной лунке (т.е. допустим значение
оптической плотности в первой лунке негативного контроля не должно превышать 0.25 о.е.), то
записывается:
онтрольных условий» содержит текстовое
у«
ся в нижележащем списке. Если допущены ошибки при добавлении условия, то появится
сообщение об ошибке (Рис. 34). Пока что-то будет некорректно, программа «не пустит» условие в
список.Выбранное условие можно удалить из списка с помощью кнопки «Удалить».
оверки результатов?
ка
еднее значение оптической плотности в лунках с о
ает 0.25 о.е...».
Так как отрицательный контроль в единственном числе, то на карте планшета он задан как
"NC1" (NC-negative con
етическое оптической плотности негативного контроля меньше либо равно 0.25. Если
требуется указать в условии среднюю оптическую плотность контроля, то записывается так:
NC1<=0.25
Если условие
щим образом:
NC1.#<0.25
И, наконец,

19
далее: «...а среднее значение оптической плотности в лунках с К+ (ОПср. К+) не
менее
ревышает ОПср. К-».
анное условие записывается с участием двух контролей, положительного и
отрица
3.2.2 Окно «Исключение лунок, не проходящих контрольные условия»
NC1.1<0.25
Читаем
чемв4разап
Дтельного. Так как положительный контроль здесь тоже указан в единственном числе, то
условие запишется так:
PC1>=NC1*4
Рис. 35. Окно «Исключение лунок, не проходящих контрольное условие».
Окно «Исключение лунок, не проходящих контрольное условие» (рис. 35) построено по
тому же при
каждого
вводимого условия в выпадающем списке «Условие для:» нужно указывать, для какого контроля
вводит
жна превышать 0.15. Исключить ОП К-,
превышающие 0.15...».
н отрицательный контроль. Она должна быть меньше 0.15. Как мы
помним, обращение к каждой лунке записывается через .#. Тогда в выпадающем списке «Условие
для:» в
...Значения ОП К- должны быть в пределах
К- до 1.4*ОПср К-. Исключить ОП К-, выходящие из этих пределов, и пересчитать
Пср К-....».
цательного контроля и не должна быть более 140% среднего арифметического
оптиче
глядеть таким образом:
нципу, что и «Проверка контрольных условий», с той разницей, что для
ся данное условие, а в поле «Минимальное число оставляемых лунок» с помощью
стрелок устанавливать количество оставляемых реплик.
Как задать условия для исключения лунок?
Из инструкции к тест-системе: «...ОП К- не дол
Из данной фразы мы понимаем, что нужно проверить оптическую плотность в каждой
лунке, в которой раскапа
ыбираем NC1 и задаем желаемое минимальное количество лунок, которые не будут
отброшены. Условие запишется следующим образом:
NC1.#<0.15
Еще один тип условия для исключения лунок: «
от 0.6*ОПср
О Другими словами, здесь имеется в виду, что оптическую плотность каждой лунки, занятой
отрицательным контролем, должна превышать 60% среднего арифметического оптической
плотности отри
ской плотности.
Условие будет вы

20
C1.#>0.6*NC1&NC1.#<1.4*NC1
Лунки, не удовлетворяющие данному условию, будут отбрасываться по одной, и условие
. Если останется минимально возможное указанное количество
унок, а условие по-прежнему не будет выполняться, программа выдаст результаты, но они будут
считат
N
каждый раз будет пересчитываться
л
ься недействительными.
3.3 Панель «Качественный тест» редактора протоколов
Рис. 36. Окно панели «качественный» редактора протоколов.
Состоит из 4 закладок (рис. 36), которые учитывают многообразие качественных и
полуколичественных
3.3.1 Закладка
тестов.
«Качественный»
Рис. 37. Закладка «качественный».

21
Здесь задается критическо
и серая зона.
е значение оптической плотности
Рис. 38. Уровень среза.
В текстовое поле «Уровень среза» (рис. 38) заносится формула для критического значения
оптической плотности теста, по срав
азцам будет присваиваться один из
резуль
з инструкции к тест-системе: «...Для оценки результатов анализа исследуемых
сыворо
тической плотности (ОПкрит):
К
мула для уровня среза написана неправильно, то появляется сообщение об
ошибк Правила написания аналогичны правилам написания валидации и элиминации.
вом поле
«Усло
ия того или
иного ловия?
ой плотности. ОПкрит = ОПср К- + 0.1, если ОПср К- менее, чем ОПср Кслаб, и
ОПкри
слаб как C1. Сначала в поле «Уровень среза» заносим
NC1+0
онтролям, уровень среза может
быть р
етственно (рис. 37).
нению с которым обр
татов: POS (позитивный), NEG (негативный), ??? (серая зона). Нажимается кнопка
«Ввести» и, если уровень среза определен корректно, то он заносится в нижележащий список.
Оттуда его можно стереть кнопкой «Удалить».
Как задать ОПкрит (уровень среза)?
И
ток вычислить критический уровень оп
ОПкрит = ОПср - + 0,04...»
Уравнение будет выглядеть так:
NC1+0.04
Если фор
е.Если в инструкции к тест-системе указано, что в зависимости от выполнения того или
иного условия выбирается уровень среза, то к каждому уровню среза справа в тексто
вие» пишется соответствующее условие, при выполнении которого в расчетах используется
данный уровень среза. Внимание! Условия должны быть взаимоисключающими!
Как задать разные ОПкрит (уровни среза), в зависимости от выполнен
ус
Пример: «Для оценки результатов анализа исследуемых сывороток вычислить критический
уровень оптическ
т = Кслаб в противном случае.»
В данном случае последовательно вносим два уровня среза с условиями. Пусть К- у нас на
планшете обозначается как NC1, а К
.1, а в поле «Условие» NC1<C1. Затем по нажатию кнопки «Ввести» условие и уровень
среза оказываются в нижележащем списке под пунктом 1. Далее в поле «Уровень среза» вводим
C1, а в поле «Условие» взаимоисключающее условие NC1>=C1. Таким образом, при обработке
программа при выполнении того или иного условия выберет один из уровней среза.
При выборе «Конкурентный ИФА» (рис. 37), оптической плотности, большей уровня
среза, присваивается результат NEG, а меньшей, наоборот, POS.
При выборе «Расчет по концентрациям» (и при наличии стандартов с заданной
концентрацией), после присвоения концентрации образцам и к
ассчитан по концентрациям. И, соответственно, с уровнем среза сравнивается концентрация
образца, а не его оптическая плотность. Т.е. при записи ОПкрит числом (5.25, например), тем
образцам, концентрация которых больше этой величины, будет присваиваться положительный
результат, а образцам с меньшей концентрацией -- отрицательный. Внимание! Если по причине
немонотонности стандартов не были рассчитаны концентрации контролей и образцов, то
уровень среза по концентрациям не может быть высчитан, и качественный тест проведен
не будет.
Серая зона задается в процентах от ОПкрит в окошках над "-" ниже и над "+" выше уровня
среза соотв

22
ы качественного теста, цвет и стиль шрифта.
Таблица результатов для качественного теста (рис. 39) позволяет выбрать, как будут
отображаться в отчете результат
Рис. 39. Вид результатов для качественного теста.
3.3.2 Закладка «Многозонный тест»
Рис. 40. Таблица «Многозонный тест».
Если в тест-системе ука
ет быть присвоено несколько
результатов (например, отрицательный, низкий, ыраженный, высокий и очень высокий уровень
какого
и
зуется формула пересчета ОП, то зададим сначала ее. В
поле «
о название указывается
в мето
ьтатов сравнивать с уровнями
среза не оптическую плотность образца, а его концентрацию, надо поставить галочку «Расчет по
концен
1, а Кслаб.ср. -- как С2. Тогда формула для пересчета запишется следующим
(C2-NC1))*10
сим название -- EUпробы, как в методичке.
Далее в инструкции указано, что уровень EU до 15 считается отрицательным.
амую нижнюю зону. В нашем
зано, что исследуемому образцу мож
в
-либо гормона), то используется закладка «Многозонный тест». Мы покажем
программирование многозонного теста на довольно сложном примере с расчетом зон по формуле
пересчета опт ческой плотности.
Как занести несколько ОПкрит в таблицу многозонного теста?
Так как в нашем примере исполь
Название» мы вносим название данной формулы для отчета. Обычн
дичке. Сама формула в нашем примере в методичке записана так:
EUпробы = ((ОПобр -- ОПср К-)/(Кслаб.ср. -- Опср К-))*10
Чтобы дать программе понять, что нужно при расчете резул
трациям». Если же требуется сравнивать с ними значение, рассчитанное по формуле с
использованием оптической плотности образца, то надо поставить галочку «Применить формулу
пересчета ОП».
Если у образцов на планшете нет размерностей (ТА, ТВ), то ОПобр. указывается как Т.
Пусть К- как NC
образом:
((T-NC1)/
В поле «Название» зано
Соответственно в первой свободной ячейке в таблице указываем с

23
пример
тупаем далее, до последней зоны --
Очень
зом, как в таблице, она будет отображаться и в отчете.
е это отрицательный уровень EU (Отр). Название может быть любым, главное, чтобы оно
легко идентифицировалось. Также в следующую свободную ячейку заносим формулу или
значение для данного уровня ОПкрит. В нашем случае это 15.
Далее читаем, что от 15 до 35 -- низкий уровень EU. Следовательно, заносим следующую
зону -- Низкий, и ее верхнюю границу 35 в таблицу. Так пос
высокий уровень EU.
Выделив название зоны в таблице и нажав кнопку «Шрифт», можно выбрать цвет и стиль шрифта
для этой зоны. Таким же обра
Рис. 41. Появление кнопки «K(OD)».
Иногда требуется задать
плотности, в которой
используется коэффициент, п
в зависимости от величины
оптиче
формулу для пересчета оптической
ринимающий разные значения
ской плотности. Если в формуле употреблено условное обозначение «К», то появляется
кнопка «K(OD)» (рис. 41), нажав на которую, можно задать диапазон оптической плотности и
соответствующие ему коэффициенты К (рис. 42).
Рис. 42. Коэффициенты «К».

3.3.3 Закладка «Подтверждающий»
Рис. 43. Закладка «Подтверждающий».
Данная закладка предназначена для программирования подтверждающих тестов. Как
правило, в подтверждающих тест-системах для оценки результатов анализа исследуемых образцов
требуется вычислить ОПкрит. И процент подавления сигнала в конкурентном ИФА.
Из методички:
ОПкрит = [(ОП К-прям + ОП К-конк)/2] + 0,04;
% подавления = [(ОПпрям - ОПконк)/ОПпрям]*100%;
Ниже таблицы подтверждающего теста находится 2 условных обозначения: CO (от CutOff)
-- ОП крит., по умолчанию обозначается «Уровень среза» и CP -- коэффициент подавления. Эти
обозначения вводятся для того, чтобы не записывать длинных повторяющихся формул в таблице с
участием уровня среза и коэффициента подавления. Занесем данные из методички в таблицу.
Пусть К-прям обозначается на планшете как NC1, а К-конк -- как NC2. Тогда формула для уровня
среза запишется следующим образом:
(NC1+NC2)/2+0.04
Для обозначения ОП образца в прямом ИФА служит условное обозначение TA. Для
конкурентного ИФА -- TB.
Итак, формула для коэффициента подавления будет выглядеть следующим образом:
((TA-TB)/TA)*100
Теперь формулы заданы. Разберемся с записью условий для присвоения результатов.
Обычно данная информация указана в пункте «Интерпретация результатов».
Рассмотрим пример из инструкции:
«...Если ОП образца (ОП обр) в прямом и конкурентном ИФА меньше ОП крит, и %
подавления меньше 50% образец считать отрицательным, не содержащим HBsAg....»
Итак, мы помним, что ОП образца в прямом ИФА обозначается TA, в обратном -- TB. ОП
крит обозначается как CO, процент подавления -- CP. Логическое И изображается как &, ИЛИ - |.
24

25
Система присвоения результатов образцам при обработке подтверждающего теста
построена следующим образом. В левой колонке таблицы пишется условие, а в правой --
соответствующая ему зона. Если для ОП образца выполняется данное условие, то ему
присваивается соответствующая этому условию зона.
Итак, запишем условие:
TA<CO&TB<CO&CP<50
Зона, соответствующая этому условию -- отрицательный результат -- запишем как neg. Цвет
и стиль написания зоны можно подобрать, выделив название зоны и нажав на кнопку «Шрифт».
Читаем дальше:
«...Если ОП обр. в прямом ИФА превышает или равно ОП крит. и % подавления больше
50%, то, независимо от величины ОП обр. в конкурентном ИФА, образец считать положительным,
содержащим HBsAg....»
Данное условие запишется следующим образом:
TA>=CO&CP>50
В правой колонке пишем позитивный результат -- POS.
Таким же образом обходимся с остальными условиями интерпретации.
«...В сомнительных случаях, когда ОПкрит<ОПобр<1,2*ОПкрит, а % подавления<50 или
0.8*ОПкрит<ОПобр<ОПкрит, а % подавления>50, необходимо повторить анализ....»
Эту запись для удобства восприятия мы разбили на две:
(TA+TB)/2>CO&(TA+TB)/2<1.2*CO&CP<50
и
(TA+TB)/2>0.8*CO&(TA+TB)/2<CO&CP>=50
и присвоили зону повторить -- Repeat.
«...Если ОПобр > 2,4 о.е. в зависимости от настройки спектрофотометра, а % подавления <
50%, то необходимо повторить анализ с разведенным в 50 раз образцом...»
Для фотометра Био-Рад модель 680 предельной оптической плотностью является 3.5. о.е.
Соответственно условие запишется таким образом:
(TA+TB)/2>3.5&CP<50
Эта зона - повторить с разведением -- у нас называется Titr 50 (т.к. развести нужно в 50
раз). Таким образом, все условия описаны в программировании и при обработке теста образцам
будут присвоены соответствующие результаты. Если какое-либо из введенных условий
необходимо стереть, то можно стереть ряд (условие + результат) с помощью кнопки «Удалить».
Также можно задать название и формулу уровня среза и процента подавления.

3.3.4 Закладка «Спектр»
Рис. 44. Закладка «Спектр».
Закладка предназначена для программирования тестов на наличие при заболевании
нескольких белков в крови и их концентрации. Образец раскапывается в несколько лунок, и в
каждой лунке проходит реакция на определенный белок. Соответственно, для каждой такой
реакции существует свой уровень среза. Для программирования спектра необходимо заполнить
таблицу.
Как заполнить таблицу спектра?
Цитата из инструкции: «...Учет результатов анализа сывороток проводить раздельно по
каждому антигену ВГС. Для каждого антигена рассчитать свое значение ОП крит по формулам
ОПкрит (core) = ОП (К-)core + 0,2
ОПкрит (NS3) = ОП (К-)NS3 + 0,2
ОПкрит (NS4) = ОП (К-)NS4 + 0,2
ОПкрит (NS5) = ОП (К-)NS5 + 0,2...»
Для каждого уровня среза указывается наименование, собственно формула и серая зона (+ и
-). Соответственно, присваиваем каждому уровню среза наименование (core, NS3, NS4, NS5).
Пусть отрицательный контроль core обозначается на планшете как NC1, NS3 -- как NC2, NS4 -- как
NC3, NS5 -- как NC4. Соответственно уровни среза будут записаны так:
NC1 + 0.2
NC2 + 0.2
NC3 + 0.2
NC4 + 0.2
Если требуется указать серую зону, то она указывается для соответствующего уровня среза,
в процентах от его величины (в таблице под знаками + и -).
Для каждого уровня среза автоматически рассчитывается коэффициент позитивности (т.е.
отношение ОП образца для данного белка к ОПкрит белка. Чтобы эти данные отразились в отчете,
нужно поставить галочку «Выводить коэффициент позитивности в отчете».
26

3.4 Панель «Количественный тест» редактора протоколов
Рис. 45. Панель «Количественный тест» редактора протоколов.
Закладка предназначена для задания количественного теста. Для этого на карте планшета
нужно указать стандарты (калибраторы) в требуемых лунках (см. рис. 45а). На планшете они
обозначаются буквой S с порядковым номером и репликами.
Рис. 45а. Карта планшета со стандартами.
Как только на карте планшета появляются стандарты, им можно присвоить концентрацию
(рис. 46). Слева от текстового поля «Введите концентрацию стандартов» появляется название
стандарта, для которого будет присваиваться концентрация. После введения числа в текстовое
поле, следует нажать кнопку «Ввести» и значение концентрации вместе с названием данного
стандарта появятся в таблице (нижняя часть экрана рис. 46). Внесенное значение можно
«Редактировать» и «Удалять» с помощью соответствующих кнопок, выделив название
стандарта в левой колонке.
27

Рис. 46. Задание концентрации стандартов.
Выбор Алгоритма (верхний правый угол рис. 45) влияет на аппроксимацию
экспериментально полученных точек. В программу встроено 3 способа аппроксимации: кусочно-
линейная, линейная и сплайн.
Флажок «Экстраполяция» позволяет определить концентрацию для тех лунок, которые
выходят за пределы определенного стандартами диапазона.
Если пометить флажок «Использовать сохраненную кривую», то рядом появится кнопка
.
Рис. 47. Кнопка редактирования второго планшета.
По щелчку данной кнопки возникает форма «Второй планшет» (рис. 48), которая является
картой планшета с урезанными возможностями. По сути, она аналогична карте планшета,
расположенной на главной закладке, но без ввода стандартов и многомерных образцов. После
заполнения второго планшета следует нажать кнопку «ОК». Если нажать кнопку «Отмена», то
информация не сохранится.
28

Рис. 48. Панель «Количественный тест» редактора протоколов.
3.5 Панель «ЛИС» редактора протоколов
Рис. 49. Панель «ЛИС» редактора протоколов.
Для информации, предназначенной ЛИС, нужно указать «Внешнее имя» (рис. 49), которое
будет совпадать с именем, указанном в задании ЛИС для данного протокола. Если не указать
внешнее имя, то при записи любая информация на данной закладке не сохранится. Затем следует
выбрать, что будет отправлено в отчет для ЛИС. В левом списке находятся доступные поля, а
справа -- те, которые будут отправлены, причем в отчете они будут прописаны в порядке сверху
вниз. Кнопками вправо, влево пользователь выбирает те поля, которые нужно отправить.
Кнопками вверх, вниз можно изменить порядок прописывания данных в отчете. Пример выбора
информации для отправления в ЛИС представлен на рис. 50.
29

Рис. 50. Пример выбора информации для ЛИС.
4 Форма «Отчет»
Рис. 51. Форма «Отчет».
Вызывается из закладки «Отчет» основного окна (раздел 2.2). Отображает результаты
обработки выбранного протокола. Меню формы содержит в себе три закладки (рис. 51):
- закладка «Меню» имеет доступ к функциям сохранения, экспортирования отчета в
Excel, печати отчета и отправки его в ЛИС, если это подразумевалось;
- закладка «Вид» помогает подобрать желаемый вид отчета для просмотра и печати.
Можно включить/выключить для просмотра график (если есть), матрицу и таблицу;
- закладка «Правка» позволяет сохранить данную кривую или загрузить ранее
сохраненную, и использовать второй планшет. Данные пункты доступны только для
тестов с помеченным флажком «Использовать сохраненную кривую» в редакторе
протоколов и заполненным вторым планшетом.
Ниже полоски меню (рис. 51) расположены три кнопки:
30
- кнопка «Сохранить» записывает отчет на жесткий диск. По умолчанию имя отчета --
имя протокола плюс дата и время до минуты. Расширение - mpt.

- кнопка «Печать» распечатывает отчет на принтер, установленный в настройках
системы. Если пользователь хочет выбрать другой принтер во время работы
программы, следует пользоваться пунктом «Печать» в меню.
- кнопка «Отправить в ЛИС» отправляет отчет для ЛИС в папку, указанную в
закладке «ЛИС» в «Настройках». Отчет имеет имя файла задания и расширение lou.
Если отчет с таким именем уже существует в данной папке, то пользователь получает
предупреждение (рис. 52), и в случае нажатия «ОК» отчет перезаписывается.
Рис. 52. Совпадение имени при отправлении в ЛИС.
После записи на жесткий диск возникает следующее сообщение (рис. 53).
Рис. 53. Успешная отправка сообщения.
Если при обработке протокола по заданию не выполняются условия валидации, или не
соблюдается условие монотонности для построения графика в случае количественного теста, то
возникает предупреждение (рис. 54) со списком ошибок.
Рис. 54. Форма «Отчет».
В случае нажатия на «Да» отчет сохраняется, на «Нет» - никакая информация не
сохраняется.
Сам по себе отчет состоит из основной информации, прописанной сверху (рис. 55);
31

Рис. 55. Основная информация.
графика, если это предусмотрено и выполнено условие монотонности (рис. 56);
Рис. 56. График.
матрицы (рис.57), отражающей тестируемый планшет, в каждой из лунок которого
прописано название образца, его оптическая плотность, концентрация (если есть), отношение
(если есть) и результат(если есть);
32
Рис. 57. Матрица.

таблицы (рис. 58), в которой в зависимости от типа теста могут быть разные графы, но
обязательно присутствуют адреса лунок, условное обозначение образца и его оптическая
плотность.
Рис. 58. Таблица.
График, таблицу и матрицу можно показывать/прятать с помощью пункта меню «Вид».
Часто бывает так, что вся информация, предназначенная для просмотра, не помещается на
одном листе. Для этого существует система передвижения между листами с помощью кнопок
влево/вправо (рис. 51).
33

Создание планшета
Рис. 59. Окно создания планшета.
В главной форме «Земфира» в закладке «Планшеты» находится кнопка «Создать
планшет» (рис. 59). По нажатию этой кнопки, пользователь, выбрав, к какому протоколу
создавать планшет в стандартном диалоговом окне (рис. 60), попадает в редактор планшетов (рис.
61).
34

Рис. 60. Выбор протокола для создания планшета.
Рис. 61. Идентификаторы образцов.
Имя планшета (рис.61) будет добавляться к имени протокола при сохранении, создавая
таким образом уникальное название планшета.
На «карте планшета» серым цветом обозначены лунки, условные обозначения которых
менять нельзя (контроли, стандарты, пустые). Для образцов же можно указывать любые условные
обозначения. Если одной из лунок образца присвоено какое-либо условное обозначение, то
остальные лунки образца автоматически переименовываются.
35

Рис. 62. Изменение идентификаторов образцов.
При выделении какой либо клетки, вписывании туда целого числа и нажатии на кнопку «+»
(рядом с картой планшета на рис. 61), все лунки данного образца становятся помеченными этим
числом, а лунки следующего образца этим числом, увеличенным на единицу (рис. 62).
При нажатии на кнопку «Сохранить» (рис. 61), появляется стандартное диалоговое окно, и
пользователь сохраняет планшет в папку, прописанную в «Земфире» в настройках. Кнопка
«Печать» распечатывает карту планшета на принтере, установленному умолчанию. Кнопка
«Отмена» - выход без сохранения.
6. Заполнение и загрузка планшета перед выполнением теста
Если в «Земфире» в настройках идентификаторы образцов установлены на «Спрашивать
или загружать», то при каждом выполнении обработки протокола, программа будет спрашивать
идентификаторы образцов. Производится это с помощью того же редактора планшетов, по тем же
правилам. Только существует возможность загрузить планшет, чтобы не заполнять его вручную, с
помощью кнопки «Загрузить» (рис. 63).
Рис. 63. Идентификаторы образцов перед выполнением теста.
При нажатии этой кнопки возникает список возможных планшетов, из которого и
выбирается нужный (рис. 64).
36

Рис. 64. Выбор планшета.
По нажатию кнопки «ОК», планшет используется при дальнейшей обработке теста, при
нажатии «Отмена» обработка протокола не продолжается.
37